در روش عمل بواسیر با لیزر معایب مشخصی بیان نشده و احتمال برگشت بیماری خیلی کم است، به صورتی که فقط در یک درصد بیماران این مورد گزارش شده است. خونریزی های بعد از عمل نیز ده روزه از بین می روند و جای هیچ نگرانی نیست.
ناتوانی دفع مدفوع نیز عارضه نادری در این عمل است و بیمارهای کمی بودند که بعد از عمل جراحی با لیزر از ناتوانی دفع ادرار یا کنترل گاز معده شکایت کرده باشند. بعد از عمل عفونت هم پیش نمی آید، پس نیازی به آنتی بیوتیک نیست.
در کل بیمارانی که با این روش عمل شده اند نیازی به درمان دوباره نداشته اند.